Αρκετά σημαντικό ρόλο παίζει και το είδος καλλιεργητικού συστήματος που θα επιλεχθεί από τον παραγωγό. Υπάρχουν έξι βασικά συστήματα καλλιέργειας:

⦁ Μονοκαλλιέργεια: Όταν καλλιεργείται μονίμως η ίδια φυτική καλλιέργεια σε ένα αγροτεμάχιο.

⦁ Πολλαπλή καλλιέργεια: Στο ίδιο αγροτεμάχιο εναλλάσσονται περισσότερες από μια καλλιέργειες σε ένα έτος. Αυτό το σύστημα βρίσκει μεγάλη εφαρμογή στα λαχανικά, λόγω μικρού κύκλου ζωής. Στα φυτά μεγάλης καλλιέργειας συνήθεις μορφές αποτελούν τα χειμερινά χορτοδοτικά αγρωστώδη με εναλλαγή σε εαρινή καλλιέργεια, τα χειμερινά ψυχανθή με εαρινή καλλιέργεια και χειμερινά σιτηρά με εαρινή καλλιέργεια.

⦁ Αμειψισπορά: Είναι η εναλλαγή των καλλιεργειών, κυκλικά και αιτιολογημένα σε έναν αγρό. Από τον αριθµό των ετών που απαιτούνται για να κλείσει ο κύκλος διαδοχής των φυτών, η αμειψισπορά ορίζεται ως διετής, τριετής, τετραετής, πολυετής. Στα ξηρά και πτωχά εδάφη συνήθως γίνεται διετής αμειψισπορά χειμερινού σιτηρού με εαρινή καλλιέργεια ή καλλιέργεια οσπρίων την οποία ακολουθεί χειμερινό σιτηρό. Στα αρδευόμενα χωράφια γίνεται συνήθως τριετής αμειψισπορά με αλληλουχία ψυχανθές-σκαλιστικό-σιτηρό.

⦁ Μεικτή καλλιέργεια: Γίνεται συγκαλλιέργεια δύο ή περισσότερα φυτικών είδη στον αγρό. Συνήθη μορφή αποτελεί η συγκαλλιέργεια π.χ. αγρωστώδους-ψυχανθούς ή δένδρων-ψυχανθών.

⦁ Καλλιέργεια εκτός εδάφους: Καλλιέργεια φυτών σε εναλλακτικό υπόστρωμα ανάπτυξης, όπως περλίτης, πετροβάμβακας, άργιλο, κ.α., ή απευθείας σε νερό. Η υδροπονία έχει κύρια εφαρμογή μέσα σε θερμοκήπια αλλά μπορεί να πραγματοποιηθεί και στον ανοιχτό αγρό. Χρησιμοποιείται κυρίως για την παραγωγή λαχανοκομικών και ανθοκομικών προϊόντων.

⦁ Καλλιέργεια υπό κάλυψη: Αφορά κυρίως την καλλιέργεια λαχανοκομικών και ανθοκομικών φυτών. Γίνεται επίσης παραγωγή και ανάπτυξη πολλαπλασιαστικού υλικού ή/και βελτίωση φυτών (π.χ. ελεγχόμενες διασταυρώσεις).