Μεταξύ των σημαντικότερων τροποποιήσεων, είναι η απαγόρευση επιλεξιμότητας δαπανών που πραγματοποιούν μεταξύ τοπυς συνδεδεμένες ή συνεργαζόμενες επιχειρήσεις, για την αποφυγή φαινομένων σύγκρουσης συμφερόντων. Παράλληλα, γίνεται αποσαφήνιση των ορισμών των συνδεδεμένων, συνεργαζόμενων και ανεξάρτητων επιχειρήσεων, σύμφωνα με το ευρωπαϊκό θεσμικό πλαίσιο.

Ιδιαίτερη βαρύτητα δίνει η απόφαση και στον τρόπο εξόφλησης των επενδυτικών δαπανών. Για κάθε παραστατικό καθαρής αξίας άνω των 500€, καθώς και για αγορά γης, η εξόφληση θα πρέπει υποχρεωτικά να γίνεται μέσω τραπεζικών μέσων πληρωμής. Επιπλέον, η απόφαση διευκρινίζει ότι ακόμη και οι προκαταβολές ή οι τμηματικές πληρωμές για δαπάνες άνω των 500€, θα πρέπει να γίνονται αποκλειστικά μέσω τραπεζικού συστήματος, ανεξάρτητα από το ύψος κάθε επιμέρους καταβολής. Παράλληλα, παραστατικά που εξοφλούνται με κατάθεση μετρητών στο λογαριασμό του προμηθευτή, θα είναι πλέον μη επιλέξιμα.

Η απόφαση επικαιροποιεί επίσης το σύστημα διαχείρισης των πληρωμών. Μετά τις θεσμικές αλλαγές, που στο προηγούμενο πλαίσιο ανέφεραν τον ΟΠΕΚΕΠΕ, πλέον ως Οργανισμός Πληρωμών ορίζει την ΑΑΔΕ. Παράλληλα, αναμορφώνει το πλαίσιο των διοικητικών και επιτόπιων ελέγχων, καθορίζει αναλυτικά τις διαδικασίες δειγματοληπτικών και εκ των υστέρων ελέγχων, ενώ προβλέπει τη δυνατότητα υποβολής ένστασης από τους δικαιούχους εντός δέκα (10) εργάσιμων ημερών από την κοινοποίηση των αποτελεσμάτων του ελέγχου.

Τέλος, η τροποποίηση καθορίζει με μεγαλύτερη σαφήνεια τις αρμοδιότητες των Περιφερειών, των ΔΑΟΚ και των Διευθύνσεων Αγροτικής Οικονομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΔΑΟΠ), οι οποίες αναλαμβάνουν την παρακολούθηση, αξιολόγηση και υλοποίηση των επενδυτικών σχεδίων σε περιφερειακό επίπεδο. Οι νέες διατάξεις ισχύουν από τη δημοσίευσή τους στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.