Ο Μαργαρίτης Σχοινάς γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1962 και κατάγεται από τη Φούρκα Χαλκιδικής.

Σπούδασε Νομική στο Τμήμα Νομικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, από όπου έλαβε το πτυχίο του το 1985. Συνέχισε τις σπουδές του, λαμβάνοντας Δίπλωμα Ειδικών Ευρωπαϊκών Σπουδών, στην Ευρωπαϊκή Δημόσια Διοίκηση, από το Κολλέγιο της Ευρώπης, το 1986. Τέλος, το 1987, έλαβε Μεταπτυχιακό Τίτλο στη Δημόσια Διοίκηση και Πολιτική, από τη Σχολή Οικονομικών του Λονδίνου (London School of Economics). Τον Οκτώβριο του 2011 αποφοίτησε από το Πρόγραμμα “High Potential Leadership”, της Σχολής Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Χάρβαρντ, με χρηματοδότηση από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Το 1989 συμμετείχε επιτυχώς στις εξετάσεις για υπαλλήλους της ΕΕ και άρχισε να εργάζεται στη Γενική Διεύθυνση Μεταφορών και ακολούθως στο Γραφείο της Αντιπροσωπείας της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στην Αθήνα. Από το 1999 έως το 2004 διετέλεσε Αναπληρωτής Επικεφαλής στο γραφείο της αντιπροέδρου της Λογιόλα Ντε Παλάθιο, αρμόδιος για θέματα Μεταφορών, Ενέργειας και Σχέσεων με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. Από το 2004 έως το 2007 και Επικεφαλής του γραφείου του Ευρωπαίου Επιτρόπου της Κύπρου Μάρκου Κυπριανού (2004-2007).

Έγινε ευρωβουλευτής το 2007, όταν πήρε τη θέση του Αντώνη Σαμαρά, ο οποίος έφυγε από την Ευρωβουλή για να επιστρέψει στην κεντρική πολιτική σκηνή. Το 2009 ο Κώστας Καραμανλής δεν τον τοποθέτησε εκ νέου στο ευρωψηφοδέλτιο.

Το 2010 διορίστηκε αναπληρωτής διευθυντής του Γραφείου Συμβούλων Ευρωπαϊκής Πολιτικής από τον τότε πρόεδρο της Κομισιόν Ζοζέ Μανουέλ Μπαρόζο.

Τον Απρίλιο του 2013 ανέλαβε Γενικός Διευθυντής της Γενικής Διεύθυνσης Οικονομικών και Χρηματοδοτικών Υποθέσεων της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Το 2013 και το 2014 επέστρεψε στην Αθήνα, όπου ανέλαβε συντονιστής, εκ μέρους της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, όλων των ομάδων που παρείχαν τεχνική βοήθεια στην Ελλάδα.
Από το Νοέμβριο του 2014 ανέλαβε καθήκοντα Επικεφαλής Εκπροσώπου Τύπου της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, μετά από πρόταση του Προέδρου της Ζαν-Κλοντ Γιούνκερ.

Από τις 16 Δεκεμβρίου 2015, ανέλαβε Αναπληρωτής Γενικός Διευθυντής της Διεύθυνσης Επικοινωνίας της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.

Στις 18 Ιουλίου 2019 ο Πρωθυπουργός της Ελλάδας Κυριάκος Μητσοτάκης, ανακοίνωσε την πρότασή του να προτείνει το Μαργαρίτη Σχοινά για τη θέση του Έλληνα Ευρωπαίου Επιτρόπου, στη νέα Πρόεδρο της Ευρωπαϊκής Επιτροπής Ούρσουλα φον ντερ Λάιεν.

Στις 10 Σεπτεμβρίου 2019, η Πρόεδρος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, Ούρσουλα φον ντερ Λάιεν, ανακοίνωσε την ανάθεση της θέσης του Αντιπροέδρου της Κομισιόν και υπεύθυνο για την «Προώθηση του Ευρωπαϊκού Τρόπου Ζωής», στο Μαργαρίτη Σχοινά.

Ο κ. Σχοινάς είναι παντρεμένος με την Ισπανίδα Μερθέδες Αλβαργονθάλεθ, η οποία εργάζεται στην Γραμματεία της Κοινοβουλευτικής Ομάδας του Ευρωπαϊκού Λαϊκού Κόμματος και του Προέδρου της Μάνφρεντ Βέμπερ.