Μία από τις φυσικό – χημικές ιδιότητες της ριζόσφαιρας είναι η δομή του εδάφους. Κατά κανόνα η δομή του εδάφους στη ριζόσφαιρα είναι πιο σταθερή σε σχέση με τo υπόλοιπο έδαφος. Ο λόγος που συμβαίνει αυτό είναι ότι οι ενεργές ρίζες έχουν την δυνατότητα να εκκρίνουν μεγάλου μοριακού βάρους ενώσεις που ενεργούν σαν κόλλα και συγκρατούν τα εδαφικά σωματίδια μεταξύ τους.

Επιπλέον συμπλέγματα ριζικών τριχιδίων, σαπροφυτικών και μυκορριζικών υφών δημιουργούν μεταξύ τους εδαφικά συσσωματώματα που συμβάλλουν στη σταθεροποίηση του εδάφους στη ριζόσφαιρα. Όπως αναφέρθηκε προηγουμένως, οι ενώσεις που εκκρίνουν οι ενεργές ρίζες, εκτός από δομικό ρόλο αποτελούν μια εύκολη πηγή θρεπτικών ουσιών για τους μικροοργανισμούς της ριζόσφαιρας επομένως αποικοδομούνται εύκολα και γρήγορα.

Κρίσιμος παράγοντας για την εύρωστη λειτουργία του φυτού καθώς και την εύρυθμη λειτουργία της ριζόσφαιρας είναι ο εμπλουτισμός της ρίζας και των μικροοργανισμών με οξυγόνο. Το οξυγόνο συμβάλει στην αποδοτικότερη πρόσληψη των θρεπτικών στοιχείων από τη ρίζα, καθώς και στην αυξημένη μικροβιακή δραστηριότητα, αυξάνοντας τους μετασχηματισμούς των θρεπτικών στοιχείων και οδηγώντας σε αυξημένη διαθεσιμότητα για το φυτό .

Η σχέση μεταξύ της ρίζας του φυτού με το μικροβιακό περιβάλλον της ριζόσφαιρας είναι δυναμική και πολύπλοκη (Εικόνα 1). Κάποιοι μικροοργανισμοί έχουν θετική επίδραση στο φυτό βοηθώντας την πρόσληψη θρεπτικών στοιχείων ενώ άλλοι λειτουργούν ως ενεργοποιητές φυτικών ορμονών ανάπτυξης. Στον αντίποδα, άλλοι μικροοργανισμοί έχουν αρνητική επίδραση στο φυτό καθώς ανταγωνίζονται για θρεπτικά στοιχεία και άλλοι αποτελούν παθογόνα για τα φυτά. Οι ωφέλιμοι μικροοργανισμοί ταξινομούνται σε δυο γενικές κατηγορίες:

1. Στους μικροοργανισμούς που έχουν συμβιωτική σχέση με το φυτό.
2. Στους μικροοργανισμούς που ζουν αυτόνομα στο περιβάλλον της ριζόσφαιρας.