Μία πολύ σημαντική παράμετρος στην ανάπτυξη του φυτού στις υδροπονικές καλλιέργειες είναι η θερμοκρασία του νερού – θρεπτικού διαλύματος με το οποίο τροφοδοτείται το φυτό.

Η θερμοκρασία του νερού μπορεί να επηρεάσει πολλές φυσιολογικές διεργασίες κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης των φυτών. Οι θερμοκρασίες κάτω ή πάνω από τα βέλτιστα επίπεδα μπορεί να επηρεάσουν τις μεταβολικές δραστηριότητες των φυτών θετικά ή αρνητικά.

Σαν γενικός κανόνας μπορεί να θεωρηθεί ότι όταν οι θερμοκρασίες του θερμοκηπίου είναι κοντά στις απαιτούμενες θερμοκρασίες, τότε και η θερμοκρασία του νερού στο θερμοκήπιο θα είναι κοντά στις απαιτούμενες θερμοκρασίες. Εάν η θερμοκρασία του θερμοκηπίου είναι υψηλότερη, τότε μπορεί να δημιουργηθεί έλλειψη οξυγόνου στα φυτά. Γενικά όσο υψηλότερη η θερμοκρασία του νερού τόσο λιγότερο οξυγόνο μπορεί να διαλυθεί μέσα στο νερό. Αυτό μπορεί να είναι σοβαρό πρόβλημα για τα μαρούλια όπου η ιδανική θερμοκρασία νερού είναι γύρω στου 21°C ενώ για τα αγγούρια γύρω στους 28°C.