Γενικά η μορφολογία των φυτών ασχολείται τόσο με τη μορφή, τη κατασκευή και τα μέρη των φυτών, όσο και με τις σχέσεις αυτών μεταξύ τους και με το σύνολο στο χώρο τους. Σημαντικό αντικείμενο επίσης είναι η αναζήτηση ομοιοτήτων μεταξύ των διαφόρων ομάδων. Συνεπώς πρόκειται για μία συγκριτική που διενεργείται υπό το φως της εξελικτικής μεταβολής της ανάπτυξης των φυτών. Έτσι οι μορφολογικές σπουδές ακολουθούν τρεις μεθόδους:
α) τη σύγκριση των πλήρων μορφών των φυτών που υφίστανται σήμερα,
β) τη σύγκριση αυτών με εκείνα που έχουν εκλείψει, (απολιθωμένα λείψανα)
γ) την παρατήρηση επί της ανάπτυξης καθενός ατόμου χωριστά (οντογένεση).
Η Μορφολογία των φυτών διακρίνεται στην “εξωτερική μορφολογία”, που πραγματεύεται την εξωτερική μορφή των φυτών, και στην “εσωτερική μορφολογία” που εξετάζει την εσωτερική δομή των φυτών. Αυτή επιμέρους διακρίνεται στη “φυτική κυτταρολογία” που εξετάζει τη μορφή, τη σύσταση, κλπ. του κυττάρου και στην ανατομία ή “ιστολογία του φυτού” που εξετάζει τις διάφορες μορφές των φυτικών μερών, που προέρχονται από τη συναρμογή των φυτικών κυττάρων.
Στα απλούστερα φυτά το σώμα τους συνίσταται από ένα και μόνο κύτταρο, μέσα στο οποίο και πραγματοποιούνται όλες οι λειτουργίες της ζωής. Σύμφωνα με την εξελικτική θεωρία τα απλά αυτά φυτικά κύτταρα συνενώθηκαν σε αποικίες ως αθροίσματα, αρχικά με χαλαρό δεσμό και αργότερα με σταθερότερο, απ΄ όπου και προέκυψαν τα πολυκύτταρα φυτά. Παράλληλα δε με τον “καταμερισμό της εργασίας” που αρχικά εκδηλώθηκε μεταξύ των διαφόρων μερών του πολυκύτταρου σώματος, βαθμιαία άρχισε και η διαφοροποίηση των μερών αυτών η οποία και οδήγησε τελικά στο πολύπλοκο φυτικό σώμα των ανωτέρων φυτών. Έτσι, ενώ στα κατώτερα φυτά ένα τμήμα μπορεί να εκτελέσει όλες της λειτουργίες, στα ανώτερα φυτά οι διάφορες λειτουργίες γίνονται μέσα σε ίδια όργανα, όπου τα κύτταρα αθροίζονται σε καθορισμένους και ειδικευμένους ιστούς.
Στα κατώτερα φυτά, (θαλλόφυτα), η πολυπλοκότητα της μορφής και της κατασκευής τους εμφανίζει ποικίλες διαβαθμίσεις. Ομάδες των αλγών όπως φαιοφύκη και ερυθροφύκη μοιάζουν συχνά με ανώτερα φυτά ως προς το σχηματισμό και τη διάταξη των μερών του σώματός τους. Στα δε βρυόφυτα η σταδιακή διαφοροποίηση του θαλλού παρουσιάζει ακόμη στενότερη και παράλληλη ανάπτυξη ως προς τα ανώτερα φυτά. Κάποια μάλιστα εξ αυτών έχουν βλαστόμορφα και φυλλόμορφα σωματικά τμήματα που μοιάζουν με όργανα ανωτέρων φυτών. Πάντως ρίζες βλαστοί και φύλλα δεν εμφανίζονται ούτε στα θαλλόφυτα. Αυτά αποτελούν μέρη των ανωτέρων και ανωτάτων φυτών που προέκυψαν σύμφωνα με νεότερες αντιλήψεις βαθμιαία μετά την εξάπλωση των φυτών στη ξηρά που προηγουμένως ζούσαν στη θάλασσα.
Η φύση των διαφόρων μερών του φυτικού σώματος στα τελειότερα φυτά υπήρξε για μακρό χρόνο βασικό μορφολογικό πρόβλημα. Συγκριτικές μελέτες επ’ αυτών απέδειξαν πως τμήματα, αν και φαίνονται διαφορετικά, εντούτοις μπορούν να έχουν όμοια σχέση προς το όλο σώμα του φυτού, δηλαδή να είναι “ομόλογα”. Το άνθος για παράδειγμα σε κάποιες περιπτώσεις είναι ομόλογο προς το βλαστό, και τα μέρη του άνθους ομόλογα με τα φύλλα. Αντίθετα, τμήματα διάφορα ως προ τη σχέση τους προς το όλο, μπορεί να είναι όμοια ως προς τη λειτουργία, οπότε αυτά καλούνται “ανάλογα”. Έτσι τα πεπλατυσμένα πράσινα στελέχη πολλών φυτών ξηράς αγόνων περιοχών είναι ανάλογα προς τα φύλλα.
Έτσι με την ανάπτυξη των γνώσεων επί της αμοιβαίας σχέσης των διαφόρων μερών του φυτού οι βασικές οργανικές μονάδες του περιορίστηκαν σε τρεις: τη ρίζα, το βλαστό και τα φύλλα. Κατά τελευταίες επίσης παρατηρήσεις σε απολιθωμένα λείψανα παλαιότερων φυτών ξηράς απέδειξαν πως και οι τρεις αυτές κατηγορίες των φυτικών τμημάτων δεν είναι απόλυτες. Διαπιστώθηκε ότι τελικά αυτές προέκυψαν ως αποτέλεσμα της εξελικτικής ανάπτυξης που δεν μπορούν σαφώς να χωριστούν μορφολογικά. Υποστηρίζεται πως η γενική μορφολογική εικόνα του φυτού πρέπει να είναι ο άξονας ανάπτυξής του. Έτσι υπό αυτή την έννοια δεν υφίστανται θεμελιώδη τμήματα. Ρίζες και φύλλα θεωρούνται δευτερεύουσες εμφανίσεις οι οποίες διαφοροποιήθηκαν σε διαφορετικά όργανα επί ενός πρωτογενούς άξονα του βλαστού, όπου το φύλλο για παράδειγμα προέκυψε είτε ως πλάγια επέκταση του άξονα, είτε ως κλαδικό σύστημα που έγινε επίπεδο και πλατύ για την ανάπτυξη ιστού.
Η ρίζα είναι το υπόγεια τμήμα του φυτού και απορροφά νερό και ανόργανα στοιχεία του εδάφους. Τα ριζικά κύτταρα δε εκτείθενται στο φως και ως εκ τούτου δε φωτοσυνθέτουν. Τις ενεργειακές ανάγκες τους καλύπτουν από ουσίες που προμηθεύονται από τα φύλλα και το βλαστό. Ο βλαστός είναι το επίμηκες –συνήθως κυλινδρικό- όργανο του φυτού που συνδέει όλα τα υπόλοιπα φυτικά μέρη. Πολλές φορές κύτταρα του φωτοσυνθέτουν ή/και αποταμιεύουν ουσίες.
Τα φύλλα είναι τα «φωτοσυνθετικά εργοστάσια», μπορούμε να πούμε, κάθε φυτού. Τις περισσότερες φορές έχουν μεγάλη επιφάνεια, με στόχο να συλλέγουν μεγάλες ποσότητες φωτός και να δουλεύει πιο εντατικά η φωτοσύνθεση.
Τα άνθη χρησιμοποιούνται από τα φυτά για φυλετική αναπαραγωγή. Το τυπικό άνθος αποτελείται από σέπαλα ή κάλυκα. Πέταλα ή στεφάνη και στήμονες ή ύπερο (ή και τα δύο). Πολλές φορές τα φυτά στα άνθη τους χρησιμοποιούν ελκυστικά χρήματα κι αρώματα για την προσέλκυση εντόμων που βοηθούν στη διάδοση γενετικού υλικού και την επικονίαση. Τα άνθη που χρησιμοποιούνται συνήθως εξελίσσονται σε καρπούς, οι οποίοι περιέχουν έναν ή περισσότερους σπόρους (σπέρματα).
