Σε ειδικό εγχειρίδιο που εξέδωσε η ΑΑΔΕ για την αντιμετώπιση φορολογικών ζητημάτων, υπάρχει μια σειρά από διευκρινίσεις για τις δηλώσεις εισοδημάτων των αγροτών. Το φορολογικό πλαίσιο προβλέπει διαφορετική μεταχείριση ανάλογα με το είδος της ενίσχυσης, ενώ δεν έχουν όλες οι επιδοτήσεις τον ίδιο τρόπo φορολόγησης.
Όσοι αποκτούν εισόδημα από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα, έχουν υποχρέωση να υποβάλλουν το έντυπο Ε3. Αυτή η υποχρέωση, που ισχύει από το 2014 και αφορά όλους τους παραγωγούς, ισχύει ανεξάρτητα από την τήρηση ή όχι των βιβλίων, από το αν υπάρχει απαλλαγή από τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα ή αν ο αγρότης ανήκει στο ειδικό ή στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ. Το καθαρό αποτέλεσμα που προκύπτει από το Ε3 μεταφέρεται στη συνέχεια στο έντυπο Ε1, στον πίνακα που αφορά το εισόδημα από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα.
Οι αγροτικές επιδοτήσεις μπαίνουν αρχικά στο έντυπο Ε3 για πληροφοριακούς σκοπούς, όμως μόνο λίγες συμμετέχουν στον υπολογισμό του φορολογητέου εισοδήματος. Ειδικότερα, ο προσδιορισμός του κέρδους λαμβάνει υπόψη τη βασική ενίσχυση από το πρώτο ευρώ. Παράλληλα, υπολογίζει τις πράσινες και συνδεδεμένες ενισχύσεις μόνο για το μέρος που υπερβαίνει συνολικά τα 12.000€. Τα ποσά αυτά πηγαίνουν στους σχετικούς κωδικούς του Ε3 και επηρεάζουν άμεσα το τελικό αποτέλεσμα της αγροτικής επιχειρηματικής δραστηριότητας.
Υπάρχουν κατηγορίες επιδοτήσεων που δηλώνονται αλλά δεν προσμετρώνται στο σχηματισμό φορολογητέου εισοδήματος. Σε αυτή την κατηγορία ανήκουν οι επενδυτικές επιδοτήσεις, μερικές λοιπές εισοδηματικές ενισχύσεις, οι περιπτώσεις πρόωρης συνταξιοδότησης και οι αγροτικές αποζημιώσεις. Οι τελευταίες καταχωρούνται μόνο για πληροφοριακούς λόγους και δεν επηρεάζουν το αποτέλεσμα της φορολογίας εισοδήματος.
Ειδικότερα, κάθε περίπτωση αγροτικής επιδότησης/ενίσχυσης αναγράφεται υποχρεωτικά αρχικά, για πληροφοριακούς σκοπούς στον Πίνακα Γ2 (κωδικοί 071, 072, 073, 074, 075, 076, 077, 078, 079 και 080). Οι τρεις περιπτώσεις που λαμβάνονται υπόψη στον προσδιορισμό του κέρδους, δηλαδή η βασική ενίσχυση (κωδ. 071) από το πρώτο ευρώ και οι πράσινες και συνδεδεμένες (κωδ. 072 και 073) για το μέρος άνω των 12.000€, μεταφέρονται στον κωδικό 362 του πίνακα Ζ1 και στον κωδ. 322 του πίνακα Δ8, για προσμέτρησή τους στη διαμόρφωση του κέρδους από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα.
Οι τρεις αυτές κατηγορίες αποτελούν εισοδηματικές ενισχύσεις, ενώ όλες οι περιπτώσεις των επενδυτικών επιδοτήσεων (κωδ. 074, 076 και 079), καθώς και οι λοιπές περιπτώσεις των εισοδηματικών ενισχύσεων (κωδ. 075, 077 και 080) και η κατηγορία της πρόωρης συνταξιοδότησης (κωδ. 078) δεν λαμβάνονται υπόψη στον προσδιορισμό του κέρδους από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα. Οι αγροτικές αποζημιώσεις αναγράφονται στον κωδ. 070 και δεν λαμβάνονται υπόψη στον προσδιορισμό του κέρδους.
Ιδιαίτερη αντιμετώπιση υπάρχει για μερικές έκτακτες αγροτικές ενισχύσεις, που τις καταβάλλει ο ΟΠΕΚΕΠΕ και παραμένουν αφορολόγητες. Αυτές περιλαμβάνουν τις ενισχύσεις για τη στήριξη της κτηνοτροφίας στα νησιά, τις έκτακτες παρεμβάσεις που δόθηκαν λόγω των συνεπειών του πολέμου στην Ουκρανία, τις ευρωπαϊκές ενισχύσεις έκτακτης ανάγκης προς γεωργικούς κλάδους, το Μέτρο 23 για παραγωγούς που επλήγησαν από φυσικές καταστροφές, καθώς και συγκεκριμένες κρατικές ενισχύσεις ήσσονος σημασίας (de minimis). Τα ποσά αυτά δηλώνονται σε ειδικό κωδικό και είναι αφορολόγητα.
Παράλληλα, από το 2023 και μετά, ισχύει η νέα προγραμματική περίοδος της Κοινής Αγροτικής Πολιτικής (ΚΑΠ 2023–2027), η οποία έφερε αλλαγές στις ονομασίες πολλών επιδοτήσεων, χωρίς όμως να αλλάζει τη φορολογική τους μεταχείριση. Η Βασική Εισοδηματική Στήριξη αντιστοιχεί με τη Βασική Ενίσχυση, τα Οικολογικά Σχήματα αντιμετωπίζονται φορολογικά ως πράσινες ενισχύσεις, ενώ η συνδεδεμένη στήριξη διατηρεί το ίδιο καθεστώς. Τα υπόλοιπα νέα μέτρα ανήκουν στους ήδη υφιστάμενους κωδικούς του εντύπου Ε3.
Ένα ακόμη κρίσιμο θέμα αφορά τα τεκμήρια. Οι λοιπές εισοδηματικές επιδοτήσεις, όπως και το μέρος των πράσινων και συνδεδεμένων ενισχύσεων που δεν υπολογίστηκε στο φορολογητέο κέρδος, δηλαδή μέχρι το όριο των 12.000€, μπορούν να χρησιμεύσουν για την κάλυψη τεκμηρίων, γι’ αυτό και τους αναγράφουν οι σχετικοί κωδικοί του Ε1. Αντίθετα, οι αγροτικές αποζημιώσεις και οι επενδυτικές επιδοτήσεις δεν καλύπτουν τεκμήρια και παραμένουν μόνο πληροφοριακά στοιχεία στη δήλωση. Η πρόωρη συνταξιοδότηση και οι ειδικές έκτακτες ενισχύσεις μπορούν επίσης να χρησιμεύσουν για την κάλυψη τεκμηρίων. Στην πράξη, αυτό σημαίνει ότι οι αγρότες δεν πρέπει να αντιμετωπίζουν όλες τις επιδοτήσεις ως ένα ενιαίο ποσό κατά τη φορολογική δήλωση, καθώς κάθε κατηγορία έχει διαφορετική επίδραση τόσο στο φόρο όσο και στη δυνατότητα κάλυψης τεκμηρίων.
