1. Το τεχνικό σκέλος μετάπτωσης των εκκρεμών πληρωμών, με επιμέλεια της ΑΑΔΕ, με πλήρη αποτύπωση των στοιχείων τους, των υπολειπόμενων ποσών και των απαιτούμενων δεδομένων πληρωμής.
2. Το διοικητικό σκέλος, που περιλαμβάνει την έκδοση των αναγκαίων πράξεων του Διοικητή της ΑΑ∆Ε για διαδικασία εκκαθάρισης πληρωμών (παλαιότερες εγκύκλιοι ΟΠΕΚΕΠΕ), καθώς και των αποφάσεων ανάθεσης αρμοδιοτήτων, κατά περίπτωση Παρέμβασης και εμπλεκόμενου φορέα. Οι πράξεις αυτές είναι κρίσιμες για τη σαφή κατανομή ρόλων, την τήρηση της κανονιστικής αλυσίδας ευθύνης και την ομαλή συνέχιση των διαδικασιών ελέγχου, εκκαθάρισης και πληρωμής.
3. Το χρηματοδοτικό σκέλος, που αφορά την εξασφάλιση των απαιτούμενων πιστώσεων και τη χρηματοδότηση των πληρωμών, με βάση τον εγκεκριμένο χρηματοδοτικό προγραμματισμό του ΣΣ ΚΑΠ και τις ανάγκες επίτευξης των δημοσιονομικών στόχων της περιόδου.

Σχετικά με τις παλιές υποχρεώσεις, οι διαχειριστικές αρχές αναφέρουν πως η ολοκλήρωση των παραπάνω σταδίων αποτελεί κρίσιμη προϋπόθεση για την απρόσκοπτη πληρωμή των συνεχιζόμενων πράξεων.